根据2016年6月22日签署的《中长期合作协议》，合肥离子医学中心与瓦里安医疗系统合作设立质子治疗系统（中国）培训中心。

2017年2月23日，由合肥市产投集团举办的合肥离子医学中心，经市事业单位登记管理局核准，设立为市国有企业举办的具有法人治理结构的二类科研型事业单位。

1月20日上午，合肥高新区2017年经济工作会议在管委会一楼多功能厅隆重召开。合肥离子医学中心创新团队荣获高新区2016年“创新平台奖”。

11月14日下午，科技部党组成员、副部长李萌来肥考察科技创新工作，并调研合肥离子医学中心建设情况。省委常委、常务副省长吴存荣，省政府副秘书长李必方及合肥市有关领导等陪同调研。