2017年2月23日，由合肥市产投集团举办的合肥离子医学中心，经市事业单位登记管理局核准，设立为市国有企业举办的具有法人治理结构的二类科研型事业单位。中心按照市国资委重点监管企业进行管理，负责合肥离子医学中心的运营管理、规划、协调、指导离子医学项目发展。

2015年10月13日，为尽快推进合肥离子医学中心项目落地，根据市委市政府部署，以市产投集团作为投资主体设立子公司-合肥离子医学中心有限公司，作为项目融资平台，配合做好前期筹备工作。2016年5月，进口质子治疗系统和技术服务（含建工设计）供应商确定为美国瓦里安-VOA-上海建筑设计院联合体。2016年10月项目举行开工仪式。至此，合肥离子医学中心工作已全面铺开。

作为合肥综合性国家大科学中心七大创新平台第一个落地项目，合肥市委市政府高度重视中心未来发展方向，为确保建立健全合肥离子医学中心组织体系，引进优秀的国内外专家，储备高端医护人员，搭建专业人才队伍，建设符合国际一流水准的质子治疗中心，合肥离子医学中心将积极创新事业单位管理体制，积极探索全新的运营管理模式，实现社会公益服务最大化，满足市场发展需求，推动合肥市大健康产业的发展。